Одним из важнейших показателей устойчивости пойменной экосистемы Хоперского заповедника является гидрологический режим. От интенсивности весеннего половодья зависит водонаполнение водоемов на предстоящий годовой период, что в свою очередь, обусловит соответствующие изменения в составе и распределении растительного и животного мира. При низком уровне половодья многие озера остаются без «весеннего водного обновления», видовой состав флоры и фауны в них снижается, а некоторые и вовсе усыхают еще осенью. При высоких и продолжительных паводках заливается практически вся территория поймы, происходит развитие водных организмов, бентосных и планктонных сообществ, нерестится рыба, активно развивается водная и прибрежно-водная растительность, накапливаются запасы влаги в «Ольшанниковых болотах». В последние десятилетия и по настоящее время в заповеднике наблюдается период маловодных лет с редкими и невысокими половодьями.
Для наблюдения за изменением годовых гидрологических показателей в Хоперском заповеднике начаты работы по восстановлению измерений уровней грунтовых (скважины, колодцы) и поверхностных вод (в реке Хопер и отдельных водоемах). Скважины распределены на территории по профилям на разных высотах и глубинах, это позволяет оценивать, как ведут себя грунтовые воды по мере затопления поймы и в межень в начальной и конечной точке на границе заповедника. На самой реке и ряде модельных озер, в 2024 году спустя промежуток лет отсутствия наблюдений установлены измерительные рейки, по ним проводиться снятие показаний суточного водного уровня.
В 2024 году половодье началось 20 марта. Благодаря ледовому подпору скорость поднятия воды в первые дни в прирусловом канале достигала до 20-25 см в сутки. 25 марта отмечалось начало ледохода, а благодаря освобождению ото льда и разливу реки произошел небольшой спад воды в прирусловых каналах. При этом, ближайшие прирусловые водоемы уже начали заполнять через ерики полой водой, хотя лед на озерах еще стоит.