Район Хопёрского заповедника входит в состав Волжско-Донской провинции, поэтому здесь спокойный и мягкий рельеф с однообразной равниной. Правый коренной берег реки Хопер возвышается над уровнем реки на высоте 55 метров. Его склоны достигают 20−40° крутизны. Здесь очень много оврагов и балок. Это придает правому берегу характер пересеченной местности.

Пойма — часть речной долины, которая находится выше русла и затапливается в половодье или во время паводков. На территории заповедника расположено большое количество продолговатых озер и стариц. Надпойменная терраса представлена невысокими увалами и валами, которые тянутся вдоль реки Хопёр.

У речной долины наблюдается резко выраженная асимметрия склонов. Правый берег крутой и высокий, левый — более низкий. Из-за того, что меняется форма рельефа, меняется и почвенный покров Хопёрского заповедника.