Режим охраны заповедника В заповеднике существует Охранная зона площадью 13 680 га, которая определена и утверждена решением Воронежского областного Совета народных депутатов № 930 от 12 декабря1973 года. На территории есть зона покоя (2589 га) и боброво-выхухолевая зона вокруг водоемов (2400 га). В этих зонах человеку нельзя вмешиваться в природные процессы. На специальных участках разрешена деятельность, необходимая для работы заповедника и жизни людей, которые находятся на его территории. Эти участки не включены в особо ценные экологические системы и объекты.
Отстрел или отлов диких животных в научных и регуляционных целях возможен только по разрешениям, которые выдает структурное подразделение
Минприроды России.